Pasal 23 G ayat (1) Undang-Undang Dasar 1945, dan pasal 3 Ayat (2) Undang-Undang No. 15 Tahun 2006 Tentang Badan Pemeriksa Keuangan menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan berkedudukan di Ibukota Negara, dan memiliki perwakilan di setiap provinsi. Untuk menjalankan amanat tersebut, maka Badan Pemeriksa Keuangan membentuk perwakilan pada tiap-tiap provinsi di Indonesia.
Sesuai dengan Surat Keputusan BPK RI Nomor 23/SK/I-VII.3/6/2006 tanggal 07 Juni 2006 tentang Perubahan Keenam atas Surat Keputusan BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, dibentuklah Perwakilan BPK Provinsi Kalimantan Timur, dengan 15 wilayah entitas pemeriksaan, yang terbagi dalam dua wilayah kerja yaitu pada Sub Auditorat Kalimantan Timur I yang terdiri dari Provinsi Kalimantan Timur, Kota Samarinda, Kota Balikpapan, Kota Bontang, Kabupaten Kutai Kartanegara, Kabupaten Penajam Paser Utara, dan Kabupaten Paser, dan pada Sub Auditorat Kalimantan Timur II yang terdiri dari Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Berau, Kabupaten Bulungan, Kabupaten Malinau, Kota Tarakan, Kabupaten Nunukan, dan Kabupaten Tana Tidung.
Setelah dibangun gedung perkantoran yang baru, maka pada tanggal 01 April 2011, BPK RI Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur pindah ke gedung baru yang beralamat di jalan M. Yamin No. 19 Samarinda. Peresmian Pembentukan Kantor BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur dilakukan oleh Ketua Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Prof. Dr. Anwar Nasution pada tanggal 12 Juni 2006, yang pada awalnya menempati gedung milik Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur yang beralamat di Jalan Moh. Yamin No. 4 Samarinda, berdasarkan surat Perjanjian Pinjam Pakai Tanah dan Bangunan Gedung No. 011/3142/BUP-VI/2006. Penggunaan gedung baru tersebut diresmikan oleh Ketua BPK RI Drs. Hadi Poernomo pada tanggal 31 Oktober 2011, yang berlokasi di Jalan M. Yamin No. 19, Samarinda, Kalimantan Timur. Gedung Kantor BPK RI Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur memiliki lahan seluas 10.887 meter persegi dan dengan luas bangunan 6.085 meter persegi, di kerjakan oleh PT WASKITA KARYA. Gedung ini terdiri dari tiga lantai dan dilengkapi dengan sarana teknologi informasi yang dipasang untuk mendukung proses pemeriksaan. Dilengkapi dengan bangunan olah raga, fasilitas perpustakaan, ruang arsip, dan ruang auditorium. Selanjutnya dalam perkembangannya dibangun gedung auditorium, fasilitas olah raga mini soccer, fasilitas pengolahan air serta penampungan air sehingga luas bangunan menjadi 9.829 meter persegi.
Dalam sambutannya, Ketua BPK berharap bahwa dengan menempati gedung baru ini, karyawan BPK RI Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur dapat bekerja dengan lebih baik dan semakin meningkatkan kinerjanya serta tetap berpegang teguh pada nilai dasar BPK RI yaitu independensi, integritas dan profesionalisme. Pada kesempatan itu pula dilakukan penandatanganan nota kesepahaman dengan 15 pemerintah provinsi/kabupaten/kota se-Provinsi Kalimantan Timur tentang Pengembangan dan Pengelolaan Sistem Informasi untuk Akses Data dalam Rangka Pemeriksaan Pengelolaan dan Tanggung Jawab Keuangan Negara. Penandatanganan Nota Kesepahaman dilakukan oleh Kepala Perwakilan BPK RI Provinsi Kalimantan Timur, Drs. Sri Haryoso Suliyanto, M.Si., dengan para pimpinan daerah di Kantor BPK RI Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur. Ketua BPK mengatakan bahwa hal ini merupakan langkah strategis dalam rangka mewujudkan sinergi antara BPK RI dengan para pemangku kepentingan, termasuk diantaranya dengan pemerintah daerah. Dalam melaksanakan tugas pemeriksaan pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara, BPK RI mendapat kewenangan meminta data/dokumen kepada pihak yang diperiksa (auditee) dan/atau pihak lain yang terkait. Untuk mempermudah perolehan data/dokumen, BPK RI memprakarsai pembentukan pusat data dengan auditee melalui strategi link and match.
Kegiatan peresmian dan penandatangan kesepakatan bersama ini disaksikan oleh Ketua BPK RI, Drs. Hadi Poemomo, Ak, Anggota V BPK RI, Drs. Sapto Amal Damandari, Ak., Kepala Direktorat Utama Pembinaan dan Pengembangan Hukum Pemeriksaan Keuangan Negara BPK RI, Nizam Burhanuddin, S.H. M.H., Gubemur Kalimantan Timur, Dr. Awang Farouk Ishak, Wakil Gubemur Kalimantan Timur, Pimpinan DPRD, Forum Komunikasi Pemerintah Daerah Provinsi Kalimantan Timur, pimpinan instansi vertikal Provinsi Kalimantan Timur, dan para pejabat di lingkungan BPK RI. Pada Tahun 2011, Provinsi Kalimantan Timur dimekarkan menjadi Provinsi Kalimantan Timur dan Provinsi Kalimantan Utara. Dengan terbentuknya Provinsi Kalimantan Utara berdasarkan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2012 tentang Pembentukan Provinsi Kalimantan Utara pada tanggal 16 November 2012, maka terjadi perubahan jumlah entitas pemeriksaan pada BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur. Berdasarkan Keputusan BPK No. 3/K/I-XIII.2/7/2014 tanggal 10 Juli 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan, terjadi perubahan jumlah wilayah pemeriksaan menjadi 11 entitas pemeriksaan pada wilayah Pemeriksaan Sub Auditorat Kaltim I yaitu Provinsi Kalimantan Timur, Kota Samarinda, Kota Balikpapan, Kota Bontang, Kabupaten Paser dan entitas pemeriksaan pada wilayah Pemeriksaan Sub Auditorat Kaltim II yaitu Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Kutai Kertanegara, Kabupaten Berau, Kabupaten Penajam Paser Utara, dan Kabupaten Mahakam Ulu.