BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur setiap tahunnya melaksanakan pemeriksaan atas Laporan Keuangan Pemerintah Daerah pada Pemerintah Provinsi/Kabupaten/Kota di wilayah Kalimantan Timur. Berkaitan dengan hal tersebut, penyelesaian pelaksanaan tugas tersebut ditandai dengan penyerahan laporan hasil pemeriksaan (LHP) BPK kepada DPRD terkait dan Kepala Daerah/yang mewakili. Pada tahun 2019, BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur memberikan Opini WTP dalam LHP tersebut kepada 9 entitas, yang diberikan atas prestasinya dalam memperbaiki kualitas dan kewajaran penyajian laporan keuangan serta perbaikan pengelolaan keuangan daerah.