Sesuai dengan Peraturan BPK Nomor 1 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan sebagaimana telah diubah dengan Peraturan BPK Nomor 2 Tahun 2020 tentang Perubahan atas Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan Nomor 1 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan, Peraturan BPK Nomor 2 Tahun 2022 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan Nomor 1 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan dan Peraturan BPK Nomor 1 Tahun 2023 tentang Perubahan ketiga atas Peraturan Badan Pemeriksa Keuangan Nomor 1 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan, struktur organisasi BPK  Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur, meliputi :

1. Sekretariat Perwakilan, terdiri atas :

• Subbagian Hubungan Masyarakat dan Tata Usaha Kepala Perwakilan

Subbagian Humas dan Tata Usaha Kepala Perwakilan mempunyai tugas melaksanakan kegiatan di bidang kehumasan yang terkait dengan tugas dan fungsi BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur, mengelola perpustakaan, kesekretariatan, keprotokolan, menyiapkan informasi yang dibutuhkan oleh Kepala Perwakilan, serta pemutakhiran data pada aplikasi SIstem Manajemen Kinerja dalam rangka pengukuran IKU unit kerja dan penyimpanan Database Entitas Pemeriksaan pada lingkup tugas BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur.

• Subbagian Sumber Daya Manusia

Bertugas menyusun bazetting pegawai, daftar kebutuhan pegawai, memproses mutasi pegawai, kenaikan pangkat, kenaikan gaji, administrasi gaji, administrasi Taspen dan BPJS, administrasi cuti pegawai, administrasi LHKPN dan LHKASN, mengusulkan calon penerimaan penghargaan, pengelolaan sistem presensi, database SISDM, manajemen kinerja pegawai, dan administrasi kepegawaian lainnya serta pengadaan dan pengelolaan obat klinik BPK Perwakilan.

• Subbagian Keuangan

Subbagian Keuangan mempunyai tugas melaksanakan kebijakan anggaran, perbendaharaan, penatausahaan, dan pertanggungjawaban keuangan, serta menyiapkan bahan pendukung dalam rangka penyusunan Laporan Keuangan BPK di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur.

• Subbagian Umum dan Teknologi Inforamsi

Subbagian Umum dan Teknologi Informasi mempunyai tugas melaksanakan pemberian layanan administrasi umum, pengelolaan arsip dan teknologi informasi, serta melaksanakan pengurusan prasarana dan sarana di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur.

• Subbagian Hukum

Subbagian Hukum mempunyai tugas melaksanakan pemberian layanan di bidang hukum meliputi legislasi, konsultasi, bantuan, dan informasi hukum terkait tugas dan fungsi BPK Perwakilan Provinsi Kalimantan Timur.

2. Subauditorat Kalimantan Timur I; Subauditorat Kalimantan Timur I meliputi Lingkup Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur, Kota Samarinda, Kota Bontang, Kota Balikpapan, Kabupaten Paser, BUMD, dan lembaga terkait di lingkungan entitas

3. Subauditorat Kalimantan Timur II;dan Subauditorat Kalimantan Timur II meliputi lingkup Pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Berau, Kabupaten Penajam Paser Utara, Kabupaten Mahakam Ulu, BUMD, dan lembaga terkait di lingkungan entitas.

4. Kelompok Pejabat Fungsional Pemeriksa.